Pemilihan tangki ikan untuk sistem akuaponik sangat berbeda dengan tangki akuarium. Ada pertimbangan khusus yang dibutuhkan untuk membuatnya, karena hubungannya dengan bak atau media tempat tumbuhnya tanaman. Keduanya memiliki kriteria yang sama dalam pemilihan bahan yang diperlukan untuk membuatnya.

Berikut adalah panduan untuk memilih atau membuar tangki ikan untuk sistem akuaponik

Harus Kedap Air dan Anti Bocor
Tangki ikan harus kedap air dan tidak ada kebocoran di sekitar pipa-pipa saluran air. Gunakan lem karet atau silikon yang baik untuk mencegah kebocoran sekecil apapun.

Harus Kokoh
Tangki ikan harus cukup kuat untuk menahan berat massa total air (yang memiliki berat kurang lebih 1 kg per liter) ditambah perhitungan terhadap tekanan tambahan dari air yang mengalir.

Tidak Beracun
Untuk membuat atau memilih tangki ikan, perlu diperhatikan pemilihan bahan yang tidak berbahaya atau tidak mengandung racun. Hal ini penting karena tangki ikan adalah rumah ikan yang kemudian akan memberikan nutrisi bagi organisme lainnya di dalam sistem, seperti tanaman, bakteri pengurai, cacing dan organisme lainnya.

Harus Inert
Pastikan bahwa bahan tangki ikan tidak mempengaruhi keseimbangan kimiawi (inert), seperti tingkat pH dan amonia. Hindari penggunaan bahan dari logam karena akan menimbulkan korosi yang dapat mempengaruhi keseimbangan sistem.

Bentuk Tangki Ikan
 Bentuk tangki ikan tidaklah terlalu penting dipertimbangkan. Akan tetapi idealnya tangki ikan adalah berbentuk bulat atau oval. Hal ini dimaksudkan untuk meminimalkan adanya zona mati (anaerob/minim oksigen). Apabila tangki ikan berbentuk bulat atau oval maka aliran air dapat merata diseluruh bagian tangki ikan. Dan juga tangki ikan yang pendek dan lebar lebih baik daripada tinggi/dalam dan sempit, karena tangki ikan yang pendek memiliki luas permukaan air lebih besar (rasio volume air lebih besar).

Berikut ini bentuk-bentuk tangki ikan dan bahan-bahan untuk membuatnya :











Letak Tangki Ikan
 
Apabila tangki ikan menggunakan rak/penyangga, buatlah penyangga yang kokoh agar tidak mudah runtuh. Jauhkan dari tempat terlalu panas atau terkena sinar matahari langsung. Ikan tidak memerlukan sinar matahari untuk tumbuh. Pasang  pelindung untuk mengurangi sinar matahari yang masuk kedalam tangki ikan, karena suhu yang terlalu panas akan menyebabkan beberapa hal yang merugikan seperti : turunnya kadar oksigen di dalam air, tanaman terdehidrasi sehingga bisa layu/mati dan dapat menimbulkan tumbuhnya lumut dimana lumut akan mengkonsumsi unsur hara dan oksigen di dalam sistem sehingga tanaman dan organisme yang diperlukan di dalam akuaponik akan terganggu.