Filter sangat diperlukan didalam sistem akuaponik untuk menghilangkan atau mengurangi limbah ikan, agar limbah ikan tidak menimbulkan ekses negatif di dalam sistem, seperti tersumbatnya aliran air, akumulasi limbah ikan di dalam sistem dapat menimbulkan kondisi anaerob dan akar tanaman dapat terlapisi limbah ikan sehingga tanaman kesulitan untuk menyerap nutrisi dan oksigen dan lain sebagainya. Padatan ikan dikurangi oleh filter dan air yang mengalir kembali ke kolam ikan menjadi jernih dan layak huni bagi ikan.

Beberapa jenis ikan dapat hidup di dalam kondisi air yang keruh atau kotor, seperti ikan lele dan sejenisnya, akan tetapi semua ikan tidak dapat bertahan apabila di dalam air kotor tersebut mengandung penyakit.
Jadi, semua organisme yang dibutuhkan di dalam akuaponik : ikan, tanaman maupun bakteri pengurai membutuhkan beberapa sistem filtrasi agar dapat hidup sehat tanpa resiko terkena penyakit.

Bagaimanakah Seharusnya Sistem Filtrasi Yang Baik Didalam Akuaponik?
Di dalam sistem akuaponik yang berbasis media dimana bak tanam penuh berisi media seperti : kerikil, hidroton, pecahan genting dan lain-lain dapat berfungsi sebagai mekanisme bio filtrasi yang utama. Bak penuh media tersebut menjadi metode filtrasi utama dan melakukan fungsi yang cukup baik di dalam mengeliminasi padatan ikan, kecuali tingkat padatan ikan dibuat lebih tinggi dari nilai aman, akan membutuhkan filter tambahan. Pembahasan mengenai rasio tingkat kepadatan ikan dapat dilihat pada artikel lainnya.

Kualitas air akan menjadi masalah ketika ada penambahan ikan yang melebihi kapasitas filtrasi didalam sistem. Pada awalnya, kotoran ikan tidak terlihat menumpuk karena ikan masih kecil. Pada waktu ikan mulai besar, maka kualitas air menjadi kurang jelas. Banyak partikel-partikel kecil kotoran ikan melayang-layang di dalam tangki ikan.
 
Aturan praktis di dalam menjaga kesehatan lingkungan sistem adalah menyesuaikan tingkat densitas ikan dengan tingkat filtrasi. Apabila bak tanam berbasis media berukuran kecil dan hanya satu-satunya mekanisme filtrasi utama, maka perlu untuk mengurangi beban ikan atau meningkatkan/menambah sistem filtrasi. Menambah sistem filtrasi dapat dilakukan dengan menambah filter luar atau menambah bak tanam berbasis media ekstra.
 
 Limbah ikan, bahan-bahan organik lainnya dan ganggang yang tumbuh di dalam sistem jika dibiarkan menumpuk akan mempengaruhi tingkat oksigen terlarut (Dissolve Oxygen) di dalam sistem, terutama di dalam tangki ikan. Seluruh limbah/bahan organik tersebut akan menghasilkan karbon dioksida dan amonia. Apabila terjadi penumpukan limbah/bahan organik yang mati di dalam tangki ikan dan dibiarkan terus-menerus, maka akan terurai secara anaerobik (kondisi tanpa oksigen) dan akan menghasilkan gas metana dan hidrogen sulfida, dimana gas tersebut akan meracuni kondisi lingkungan akuaponik. Jadi beberapa proses pemeliharaan dan kontrol kualitas air diperlukan apabila tingkat densitas ikan di dalam sistem akuaponik terlalu tinggi.
 
Dianjurkan kepadatan tebar ikan yang sesuai agar beban sistem tidak berat. Pada dasarnya sistem akuaponik dibangun untuk menjaga keseimbangan dalam keharmonisan, seperti ekosistem yang terdapat di alam lingkungan sekitar. 
Di dalam sistem akuaponik metode tanam Deep Water Culture (rakit apung), Nutrient Film Technique maupun Deep Flow Technique, filter sangat mutlak diperlukan. Metode tanam tersebut umumnya diaplikasikan pada sistem akuaponik skala komersial yang besar dimana tingkat kepadatan ikan dibuat tinggi atau sangat tinggi untuk tujuan ekonomis. Rangkaian/urut-urutan  filter untuk metode-metode tanam tersebut adalah : filter pemisah/penangkap padatan ikan (settling tank), biofilter dan degassing filter (filter mineralisasi). Jenis-jenis filter pemisah/penangkap padatan ikan adalah : clarifier filter, swirl filter dan radial flow filter. Berikut adalah gambar-gambar berbagai macam filter tersebut :

sistem filtrasi yang benar didalam akuaponik

Berapa Banyak Padatan Ikan Yang Harus Dikeluarkan Didalam Sistem Akuaponik?

Menghapus semua padatan ikan dalam sistem akuaponik adalah suatu pekerjaan yang menyita waktu, kecuali memakai filter yang mahal dan canggih. Didalam sistem akuaponik tidak perlu semua padatan ikan dibuang seluruhnya. Sebagian padatan ikan harus terdekomposisi oleh bakteri pengurai, agar dapat digunakan sebagai nutrisi untuk pertumbuhan tanaman. Nutrisi penting untuk pertumbuhan tanaman tersebut dirilis ke air yang disebut sebagai proses mineralisasi. Mineralisasi adalah esensi dari pertumbuhan tanaman. Jika semua padatan ikan dihapus/dihilangkan dalam sistem, maka disebut sebagai budidaya tanpa nutrisi dan bukanlah sistem akuaponik. Apabila demikian, tumbuhan memerlukan nutrisi eksternal karena tanpa adanya padatan ikan untuk proses mineralisasi. Suplementasi nutrisi lebih diperlukan. Hal ini tentunya akan menambah biaya operasional dan meningkatkan kompleksitas pengelolaan sistem akuaponik. Akuaponik adalah suatu sistem dimana banyak sekali yang belum sepenuhnya memahami atau mengerti. Keseimbangan menjaga kesehatan ikan dan pertumbuhan tanaman adalah penting. Air bersih di dalam sistem sangat penting dan begitu pula nutrisi yang terperangkap didalamnya.
 
Semoga bermanfaat..